تونی در ۲۰ خرداد ۱۳۹۱ با امضای قراردادی یک ساله، وظیفهٔ سرمربی‌گری باشگاه تراکتورسازی تبریز را برعهده گرفت. وی در مورد هواداران این باشگاه گفته‌است: «در ۳۴ سال بازی و مربی‌گری در تیم‌های مختلف چنین استقبالی را از یک تیم ندیده بودم. تماشاگران تبریزی در هر بازی و یا سر تمرین طوری در ورزشگاه حضور می‌یابند که انگار آن روز را برای تیم جشن گرفته‌اند. من در بنفیکا هم چنین هواداران پرشوری ندیده بودم.»[۲][۳]
این مربی با کسب پیروزی ۵ بر ۰ در برابر باشگاه گهر، بهترین برد تاریخ باشگاه تراکتورسازی را در لیگ برتر فوتبال ایران برای این تیم کسب کرد.[۴] افزون بر این با برد ۴ بر ۱ برابر باشگاه سپاهان، سنگین‌ترین باخت سپاهان را در تاریخ لیگ برتر به این باشگاه تحمیل کرد.[۵] با این حال، در لیگ قهرمانان آسیا نتوانست با تراکتورسازی -که برای نخستین بار حضور در این رقابت‌ها را تجربه می‌کرد- از مرحله گروهی صعود کند. در روزهایی که تونی وظیفه هدایت تراکتورسازی را برعهده داشت، شبکه تلویزیونی SIC پرتغال مستندی از زندگی تونی در تبریز و محبوبیت وی در نزد هواداران تراکتورسازی تهیه و پخش کرده بود.[۶]
با وجود کسب رتبه دوم در جدول لیگ برتر و کسب سهمیه آسیا و علی‌رغم مخالفت اکثریت هواداران،[۷] تونی در فاصله ۲ هفته مانده به پایان فصل، در ۱۲ اردیبهشت ۱۳۹۲ از سوی مسئولان باشگاه، به دلیل کسب نتایج ضعیف، کنار گذاشته شد؛[۸]هر چند مسائل مالی و افزایش نرخ ارز نیز در اخراج وی بی‌تاثیر نبودند.[۹] وی در هنگام ترک تبریز، در میان بدرقه هواداران تراکتورسازی و با چشمانی اشک‌بار گفت: «من همه شما را دوست دارم و در قلبم جا دارید. هر وقت بخواهید به تراکتور برمی‌گردم؛ ولی بالاخره تصمیمی است که گرفته شده و امیدوارم تیم تراکتور موفق شود. من خاطرات خیلی خوبی با تراکتور و هواداران این تیم دارم. همیشه رابطه‌ام با هواداران خوب بوده است؛ ولی باشگاه مرا خراب کرد.»[۱۰] محمدحسین جعفری، مدیرعامل وقت باشگاه تراکتورسازی نیز، در همان روزی که تونی تبریز را ترک کرد، از سمت خود استعفا داد.[۱۱]
بازگشت به تراکتورسازی
تونی در اواخر فصل بعد (۹۳–۱۳۹۲) پس از استعفای مجید جلالی دوباره به عنوان سرمربی تراکتورسازی انتخاب شد.[۱۲] او توانست با قهرمانی در جام حذفی، تراکتورسازی را به نخستین عنوان قهرمانی تاریخ خود در سطح اول فوتبال ایران برساند.
آقا مهدی ممنون که جواب محبت هواداران را دادی ؟ 
جدول کامل تک به تک خروجی ها و ورودی ها 
کریمیان به استقلال پیوست
مرتضي اسدي ازتراکتورسازي جدا شد
رسول خطیبی جوابگو باشید 2 نفر جدا شد
عشق یعنی ابراهیمی نه نصرتی که بخاطر 30 ملیون به پیکان پیوست
به تراکتورسازی آمدم تا به تیم ملی برسم
بائو: از خبر تمدید قراردادم تعجب کردم
عکس - پرچم تراکتور به برزیل هم رسید
امیدوارم اگر واقعا برانکو نشد آقایان مستقیما نروند سراغ اسکوچیچ
تراكتور باز هم در مسیری مبهم 
حامد لک در کنار پورشه + عکس
آقا مهدی پیاده شو با هم بریم چند درصد گرفتی ؟ 
علی دایی را دوست دارم اما پرسپولیسی نیستم
بیانیه مدیرعامل باشگاه در اولین نشست خبری سرمربی تیم
مجتبی جباری راهی بیمارستان شد ؛ عکس
از اون بالا «کبوتر» میایه!
تعویض سید صالحی با یکی از بازیکنان تراکتور! 
بازی های سرمربی جدید تیم تراكتور 
لوسیانو پریرا و 5 ستاره لیگ برتری در تراکتور 
3 روز است که یک رنگ جوراب میپوشیم
حل معضلات مالی تراکتور با اسپانسر 9 میلیاردی